“刽子手拔刀斋！终于找到你了。”

月明星稀，寂静的古城里，传来一声少女的厉喝。

白薛迦回头，十字形的伤疤占据了半边的脸颊。巷子的另一头，亚豆美保手持长剑向他走来。亚豆美保一身古装，长发被束成一个单马尾，眼眸如星，英姿飒爽。

故事发生在时代交替的那个混乱的年代，民不聊生，各种势力交错，各种思想的碰撞，而剑心，也就是故事的主人公，就是在那个被迷雾与黑暗所笼罩的年代的微不足道的一员。

剑心为了平息国家的战乱，亦然参加了力图救亡图存的维新派，他不懂政治，只懂剑，他用自己的剑，披荆斩棘，斩出了一条雪染的道路，令敌人闻风丧胆，并被赋予了一个刽子手的称号。然而维新胜利后，国家的战乱并没有平息，百姓的生活并没有变好，他的剑并为改变这一切，于是他放弃了杀戮，不再杀人，四处流浪。

故事的开始，所讲述的是有一个人假冒刽子手剑心之名，在夜晚肆意屠杀村民，神谷薰为了保护百姓于是自发的在巷间巡逻，然后跟真正的剑心相遇了。神谷薰误以为剑心是屠杀村民的杀手，于是攻击了剑心，而与此同时，那个假冒的剑心又再次行动，于是剑心和神谷薰解除了误会。

然而神谷薰却遇到了麻烦，她曾经救了一个昏倒在她武馆前的老人家，老人家也就以报恩的名义作为佣人留在了她家，老人家也无处可去，神谷薰就收留了他。然而佣人却伙同了一群地痞流氓，来逼迫她将武馆卖掉。

神谷薰不敌，路过的剑心击败了敌人，救了神谷薰。逼问之下，才得知原来是有鸦片商需要大量的土地来种植鸦片，武馆占地面积很大，却没什么人，佣人垂涎这份资产，知道神谷薰就只有一个人，于是雇佣一伙流氓想要侵占这里的土地，不管是转手卖掉，或者种植鸦片，都是一笔收入。

而那位被剑心击败的最厉害的敌人左之助却愤怒的殴打了仆人，原来他的一个朋友正是死在鸦片之下，他非常痛恨鸦片。

剑心无处可去，在神谷薰的邀请下，于是暂住在了这里。一天，有个女人突然翻墙而入，被剑心撞见后，祈求剑心的保护。经过一番波折，女人告诉给了剑心等人自己的身份，她名叫高荷惠，原本是一名医师，可是被鸦片商囚禁起来，利用她的提纯技术，来制造鸦片，她知道鸦片的危害，不想为祸苍生，于是逃走了。

同时也告知了鸦片商的黑幕，原来那个屠夫其实是鸦片商找来的，他想收购这篇土地，可是又不想给钱，于是就想制造恐慌，让这里的人快点搬走，这样他就能光明正大的侵占这片土地来种植鸦片。

鸦片商找到了高荷惠，因为那种利润更高的提纯技术只有高荷惠懂，他担心鱼死网破，不敢强迫高荷惠，于是利用神谷薰、剑心等人的安全威胁高荷惠，高荷惠不愿牵连他人，只能妥协。

于是剑心、神谷薰以及只想打死鸦片商的左之助一同闯龙潭。经过一番恶战，最终成功救了高荷惠，剑心也解开了高荷惠的心结。

因为此事，一些人也知道了剑心的行踪。一天，神谷薰突然被掳走，剑心按照留言去寻找，遇见了一位故人齐藤，不过却是过去的敌人。已然不杀人的剑心不敌齐藤，在齐藤的刺激下，昔日刽子手的杀意渐渐显露，就在他即将违背自己的信念，斩杀齐藤之时，被神谷薰唤回了意识。

拯救了神谷薰之后，才得知原来齐藤只是被派来测试剑心此刻实力的对手，曾经的维新领袖，现今政.府大员前来拜见剑心，并且恳请剑心出手，暗杀准备颠覆国家的志志雄。

剑心已经不愿在行刽子手之事，神谷薰等人也不想剑心再变回过去，于是对此强烈反对。正在剑心犹豫的时候，没过几天，传来噩耗，想要拜托他去暗杀志志雄的大员反被暗杀身死。

他的死，也促使剑心下定决心。

……